Môi trường của Malaysia nói đến quần xã sinh vật và địa chất tạo thành môi trường tự nhiên của quốc gia Đông Nam Á này. Sinh thái của Malaysia là siêu đa dạng, với một biên độ đa dạng sinh học của hệ thực vật và động vật được tìm thấy trong các vùng sinh thái khác nhau trong cả nước. Rừng mưa nhiệt đới bao gồm từ 59% đến 70% tổng diện tích đất của Malaysia, trong đó 11,6% là nguyên sơ.[1][2][3] Malaysia có diện tích rừng ngập mặn lớn thứ năm trên thế giới, tổng diện tích hơn nửa triệu hecta (hơn 1,2 triệu mẫu Anh).[2]Sự can thiệp của con người đặt ra một mối đe dọa đáng kể đối với môi trường tự nhiên của đất nước này. Nông nghiệp, lâm nghiệp và đô thị hóa góp phần vào việc phá rừng, rừng ngập mặn và các hệ sinh thái phát triển mạnh khác trong nước.[4][5] Hệ sinh thái và cảnh quan bị thay đổi đáng kể bởi sự phát triển của con người, bao gồm cả việc xây dựng đường và ngăn sông.[6] Hiện tượng tự nhiên, như sạt lở đất và lũ lụt ở thung lũng Klang (Ba Sinh Cốc), cùng với sương mù, xuất phát từ nạn phá rừng rộng rãi. Biến đổi khí hậu xảy ra như là kết quả trực tiếp của ô nhiễm không khí và hiệu ứng nhà kính, mà kết quả là phát sinh từ sự phát thải khí nhà kính. Các khu vực trũng thấp gần bờ biển Sabah và Sarawak đang bị đe dọa từ mực nước biển dâng cao hiện nay. [7]Môi trường là chủ đề của Bộ Tài nguyên và Môi trường ở cấp liên bang. Các Sở Công viên động vật hoang dã và quốc gia chịu trách nhiệm về việc bảo tồn hệ động thực vật tại Malaysia. Một số tổ chức môi trường đã được thành lập để nâng cao nhận thức về các vấn đề môi trường ở Malaysia.